方舟子是中国国籍、持中国护照、承认中华人民共和国主权。生物化学家，曾经留美学习、做研究，后从事科普写作，出版过很多科普书籍，发表过很多科普网文。夫人曾在新华社工作。
他对中国的言论审查、大内宣和大外宣，包括六四镇压，一直持批判态度。2010前后是国内大V（巅峰时期微博700万粉），后来因为在微博揭露周小平，导致习近平被网友嘲讽，后被网信办鲁炜报复（因为周小平是他推的），自那以后在国内被全平台删号禁言，发哪里就封哪里。
方舟子在国内做大V期间，被无数其他大V挑战过，但从来没有倒下（经典案例请搜索 方舟子揭露唐俊造假、韩寒造假、罗永浩造假），战斗力不亚于郭文贵，又不像郭文贵那样捏造证据+满嘴跑火车，加上整个大V圈内最高的学术造诣，只有当年在微博上关注过、参与过历次战事的人能体会领略。如果没有中国政府的保护，今天的胡锡进，跟2010的胡锡进一样，在方舟子面前连一坨屎都算不上。
由于他是中文互联网早期开拓者之一，加上他早前从事的学术/医药打假等公益活动并因此受到仇人威胁、追杀，再加上后来被当局打压，在华人知识分子界（偏左）声望极高。他对中国政府的批判，据说曾被作为舆情呈报。
这次2020美国大选，方舟子是海外中文圈，少数大力支持拜登的声音。考虑到美华大部分投票给拜登，方舟子的影响力不可小觑。正是因为他的这种特殊地位，所以虽然当局尽一切努力在国内封杀他的言论，但并没有像对付民运/维权/公民记者那样，给他刘晓波/陈秋实待遇。这也就是为什么很多人怀疑方舟子是五毛/大外宣。
一种说法：方舟子在推特上揭露胡锡进的谎言，除了符合他一贯的 看到造假就要批判 的习惯以外，同时也可以证明自己不是五毛大外宣。
他目前关注者少的原因主要是：
- 国内全网封杀（至今还在不断封杀），只准骂不准捧（知名大五毛 孤烟暮蝉 最近就在黑方舟子）
- 翻墙出来看政治的人比较多，且观点多偏右，而方舟子的观点并不政治化（最近开始比较政治化），又偏左
- 有些人认同他的路线但不想被贴标签/骚扰/寻仇/死全家所以不愿意表态
- 口音，语速
概括：方舟子会对体制和皇帝进行尖锐的批判，但不反对，所以体制和皇帝拿他没办法。这就好比查理日报，批判穆斯林结果给法国招来一堆恐怖袭击，但人家没有反对法国制度，所以法国总统不能封禁查理日报。
方舟子离开微博后，笔者也离开了微博——如果连方舟子的批评都不能容忍，那微博这个平台恐怕也没有什么真话是可以容忍的了。
和任志强的区别：
- 任志强是国企老总，代表党的利益，能量大，被任志强批评太丢人。方舟子是知识分子，写书赚钱，普通人，被方舟子批评不丢人，大面积删帖就是了。
- 任志强的信本质上反对体制、反对皇帝（要求改就是反对）。方舟子从来不要求体制和皇帝怎么做，只是把体制和皇帝不合理的地方拿出来批判，也就是“批判而不反对”。
补充：官网《新语丝》 http://www.xys.org
