根据1978年西班牙宪法的规定，西班牙全国一共设有17个自治区。西班牙政府将行政权和立法权下放到自治区，自治区负责管理学校、高等教育、卫生、社会服务、文化与城市发展，并负责一定程度内的治安事务，在不逾越宪法的情况下进行地方自治。这就造成一个有趣的局面——作为单一制国家的西班牙全国都是自治区，虽然有外界人士认为西班牙更像联邦制，但西班牙却就认自己是单一制。现时，西班牙也存在非常严重的地区分离主义，表现最突出的是加泰罗尼亚和巴斯克。
2014年，加泰罗尼亚举办独立公投，独立公投得到通过。西班牙宪法法院决定对此采取拖延战术，宣布要对独立公投的合法性进行调查（这基本代表无限期搁置）。
2017年，加泰罗尼亚地方议会通过决议，加泰罗尼亚宣告独立，并建立了“加泰罗尼亚共和国”。加泰罗尼亚的独立立刻招来了西班牙政府的激烈反弹，西班牙议会迅速通过宪法第155条紧急冻结加泰罗尼亚的自治权，并动用武力强行解散自治区政府，因此也引发了2017-2018年的西班牙宪政危机。
虽然如此，现在的加泰罗尼亚自治区议会的独立派席位依旧过半（占据135个席位中的74个），自治区政府也仍旧以独派人士为主，所以加泰罗尼亚在接下来的很长时间内应该还会韬光养晦，寻找机会独立。
相较于加泰罗尼亚，巴斯克的分离主义要温和一些。但巴斯克人依旧在不断要求提高自治权，巴斯克自治区政府在2017年加泰罗尼亚独立中对西班牙政府的行为持反对态度。
除了地区分离主义以外，西班牙还和英国、摩洛哥、葡萄牙存在领土纠纷。
直布罗陀：西班牙政府多次要求英国将西班牙南部的直布罗陀归还，直布罗陀在1713年的《乌德勒支条约》被西班牙割让给英国，直布罗陀也举办了多次公投，结果都是留在英国。然而，英国脱欧后，直布罗陀的96%的选民选择留在欧盟，因此直布罗陀也成了英国和欧盟谈判的一个问题，而西班牙也在这个时候再度向英国提出了针对直布罗陀的主权声索。
休达、梅利利亚、戈梅拉岛、胡塞马群岛、舍法林群岛、佩雷希尔岛：摩洛哥宣称自己拥有以上领土的主权，并向西班牙声索这些领土。摩洛哥宣称这些领土是在自己无法自我保护的时候被西班牙夺走的，西班牙和摩洛哥之间未签署任何条约。
奥利文萨：葡萄牙从来没认可西班牙在奥利文萨的主权，1815年的维也纳会议要求西班牙将其归还葡萄牙，西班牙未同意。
