在公元前10世纪到3世纪，日本处于弥生时代，此时就有来自亚欧大陆的渡来人把大陆文化带入日本。这批渡来人多来自满洲和蒙古，说着阿尔泰语系的语言，多半从事游牧生活，他们到了日本后，其语言就一步步演变成现代日文，而其游牧民族的生活习惯则改为农耕民族的样式。此时的日本人还未觉醒出“国家意识”和“爱国认同”，所以并不会认为自己的祖先来自于满洲和蒙古，在之后的1300年中，弥生人一直定居住日本列岛，这才慢慢产生了作为“日本人”的意识。

有明确意识的日本文化是在汉传佛教进入日本后出现的，时间为6世纪。原本的日本弥生人信仰神道教，而佛教并非日本的本土信仰。在飞鸟时代中，日本人主动学习朝鲜半岛上百济国的佛教，并将自己的神道教和外来的佛教融合，在区别这两个宗教的过程中，日本人对自己的文化定位也越来越清晰。8世纪的奈良时代，日本迁都到奈良市，也不再学朝鲜半岛，而是直接改学中国的隋朝和唐朝。日本官方在此时经常派遣遣隋使和遣唐使，尤其针对唐朝文化做了大量研究。像花道和香道等唐朝文化也随着佛教和遣唐使传入日本，成为日本艺术的重要一环。

由于唐朝的衰弱，日本官方就切断了与中国的交流，并第一次专注于发展自己的本土特色。采取这种模式的8世纪到12世纪称为“平安时代”，而平安时代的日本本土文化则被称为“国风文化”。从平安时代开始，京都市就成为了日本的政治首都，也是文化中心，直到900年后的19世纪末才被东京市所取代[8]。12世纪到18世纪，日本的皇室和贵族阶级权力下降，日本武士的权力上升。武士阶级所掌权的时代是镰仓时代、室町时代、战国时代和江户时代，在这些时代里大阪市、镰仓市、金泽市等次级文化中心出现，呈现和京都市完全不同的文化特色。

16世纪中叶，欧陆文化，尤其是铁炮等枪械武器文化和基督教文化传到日本。而日本也重新加入中国的册封体制，与中国的宋朝和明朝展开了热络的勘合贸易，并透过派遣朱印船从中国那里第二次学来了诸多文化[9] 。接收最多的文化是中国的禅宗、水墨画、茶道和建筑雕刻技艺，以鹿苑寺和日光东照宫为其代表。17世纪，日本的江户幕府颁布《锁国令》，只允许日本人和中国清朝、朝鲜王朝、荷兰这三个外国交流，其余外国文化全部禁止输入。江户幕府的政策让日本的本土文化二次得到发展，今日外国人对日本文化的刻板印象，诸如代月头、浮世绘、木屐、和服、艺伎、寿司等均在此时形成。

因为日本国位于东亚大陆的最东陲，所以日本文化有时会被归入汉字文化圈中，而有时又不会，关于日本文化是否属于东亚文化，目前仍存在争议。

明治维新之后，日本成为世界强国。此时的日本也成了中国学习的榜样。晚清和民国时期，中国多次学习引进日本的政治、法律、文学、音乐、美术、科技等，很多人去日本留学。日本文化开始反向输出给中国。

1980年代，日本泡沫经济时期，日本文化中的娱乐产业获得前所未有的提升，漫画、动画、电子游戏、东京迪士尼乐园和大阪环球影城娱乐活动成为日本文化新的代表。这些娱乐产业不仅让日本国内的经济繁荣，也帮助了日本在外国进行文化输出，让外国人透过简单易懂的方式了解日本文化。目前，日本全国共有25项世界遗产，其中的20项属于文化遗产、5项属于自然遗产，日本的古代文化和现代文化已经结合，两相得宜，凸显出日本独立的特色。此时，中国也深受日本文化的影响。

1993年，美国民主党保守派的政治学家塞缪尔·P·亨廷顿在他所写的《文明冲突论》一书中，将日本文化定义为“游牧民族的阿尔泰语系文化、日本原生的弥生时代文化与中国文化的混合[20]”。亨廷顿认为日本文化独立于东亚之外，自成一体，能与中国文化并列为世界九大文明之一。

2011年，日本琉球族的历史学家与那霸润则在他所写的《中国化的日本：日中文明冲突千年史》一书中，将日本文化定义为“中国文化下的一个分支”。与那霸润认为日本在江户时代之前着重于吸收中国唐朝的文化，并在江户时代有意识的把唐朝文化改造为日本独自的形式，中日两国之间的文化差异较小，在建筑、服装、纹样、乐器、工艺品等方面尤为雷同。